Demikian kompleks dan kontroversialnya konsep amnesti di dunia ini, sekurangnya tercermin pada tidak ada satupun konvensi internasional yang secara spesifik mengatur amnesti. Konsep amnesti lebih cenderung sebagai bagian dari proses perdamaian atau rekonsiliasi pada tataran nasional. Keterkaitan amnesti dalam perjanjian internasional pada umumnya dikaitkan pada isu HAM dan hukum pidana internasional. Dengan demikian didalam arena internasional, pembicaraan berkaitan dengan amnesti selalu berada pada kerangka persoalan HAM dan Hukum Pidana Internasional. Mengingat pengaturan amnesti berada lebih pada tataran hukum nasional, maka stigma amnesti sebagai kendaraan yang dapat dipakai untuk menghindar dari pertanggung-jawaban atas pelanggaran HAM misalnya, telah menambah pelik keberadaan lembaga amnesti. Amnesti pada umumnya merupakan keputusan yang dibuat oleh pemerintah suatu negara, dan dapat diatur dalam peraturan perundang-undangan nasional.
Pemberian amnesti dapat menjadi kontroversial, jika memberikan pengampunan yang berlebihan terhadap pelaku kejaharan.
Amnesti di Indonesia diatur dalam Pasal 14 Ayat (1) UUD 1945 dan Undang-Undang Darurat Nomor 11 Tahun 1954. Sebelum amandemen UUD 1945, kewenangan pemberian amnesti mutlak berasa pada presiden. Saat ini pemberian amnesti oleh presiden wajib terlebih dulu minta pertimbangan kepada DPR dan MA.
Tanggapan terhadap kebijakan amnesti oleh Presiden Prabowo sangat beragam. Sebagian organisasi masyarakat sipil dan aktivis HAM menyambut baik langkah ini sebagai jalan keluar dari siklus kekerasan yang telah berlangsung selama puluhan tahun. Mereka menekankan bahwa hak-hak dasar masyarakat Papua harus tetap menjadi prioritas, termasuk keadilan sosial, ekonomi, dan politik. Sebaliknya, sejumlah anggota parlemen, khususnya dari partai-partai nasionalis, menyerukan evaluasi lebih dalam terhadap dampak kebijakan ini. Mereka mendesak agar proses pemberian amnesti melibatkan pengawasan ketat dan partisipasi masyarakat luas, bukan hanya keputusan politik di tingkat elit.
Di tengah pro dan kontra yang mengemuka, satu hal yang jelas adalah bahwa persoalan Papua membutuhkan solusi yang komprehensif, tidak hanya berbasis kekuatan keamanan. Amnesti bisa menjadi langkah awal penting, tetapi harus diikuti oleh komitmen nyata untuk membangun kepercayaan, meningkatkan kesejahteraan, serta menjamin perlindungan hak-hak asasi masyarakat Papua.
Keberhasilan kebijakan ini akan sangat bergantung pada bagaimana negara memastikan bahwa pemberian amnesti bukan sekadar simbol politik, melainkan bagian dari strategi nasional yang konsisten, berkeadilan, dan berkelanjutan.
Belajar dari penyelesaian Aceh di tingkat Internasional dengan penandatanganan Memorandum of Understanding (MOU) Helsinki tanggal 15 Agustus 2005 di Helsinki, Finlandia antara Pemerintah Republik Indonesia dengan Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang di dunia internasional dikenal Acheh Sumatera Nation Liberation Front (ASNLF) dan selanjutnya diturunkan dalam Undang - Undang Pemerintahan Aceh (UU PA) Nomor 11 Tahun 2006 juga bisa dijadikan _starting point_ secara komprehensif untuk jalan damai bagi Aktivis Kemerdekaan dan Rakyat Papua.